Ynnin Poikien toiminta alkoi toukokuussa 1975 koelaulutilaisuudesta, jonka toimeen-panijana toimi Oulun NMKY:n silloinen pääsihteeri Kalle Juntunen yhdessä Oulun NMKY:n Mieslaulajien kanssa. Nimensä kuoro sai taustajärjestöltään NMKY:stä, oululaisittain Ynnistä. Alkuaikoina kuorossa oli poikia muutama kymmen ja enimmillään poikia oli kuutisenkymmentä. Sittemmin vahvuudeksi on vakiintunut kahdesta kolmeenkymmeneen 7–22-vuotiasta laulajaa.
Jo vuoden 1975 kesäkuussa Rokualla pidettiin kuoron ensimmäinen laululeiri johtajana Tapani Alikoski. Kuoron aloittaessa syyskuussa varsinaisen virallisen toimintansa ensimmäisenä kuoronjohtajana toimi Antero Alikoski, jonka musiikillinen kunnianhimo johti pian kahteen harjoituskertaan viikossa. Alikoski toimi kuoronjohtajana aina vuoteen 1987 saakka. Hänellä olikin merkittävä osuus kuoron perustamisessa ja kehittämisessä, ja häntä voidaankin pitää Ynnin Poikien ”isänä”.
Vuosina 1987–1993 johtajana toimi Paavo Männistö. Hänen apunaan toimi Ilkka Eskelinen vuosina 1992–1993. Vuodet 1993–1995 Ynnin Poikia johti Marjaana Argillander.
Vuonna 1995 kuoronjohtajaksi tuli Oulun normaalikoulun musiikin lehtori Paula Westerlund. Hän toimi jo 1980-luvun lopulla nuorimpien poikien harjoituskuoro Junnujen vetäjänä. Westerlund jättäytyi pois Ynnin Poikien johtajan paikalta vuoden 2003 kesällä. Siitä lähtien Ynnin Poikia on johtanut virolaissyntyinen Mihkel Koldits.
Kuoron ohjelmiston laajentuessa ja sen vaativuuden kasvaessa Ynnin Pojille perustettiin harjoitus- ja valmennuskuoro Junnut syksyllä 1986. Viimeksi Junnujen kuoronjohtajana on toiminut Jaakko Kuusela. Ennen häntä Junnuja ovat harjoituttaneet Pia Kaitasuo, Paavo Männistö, Marjaana Argillander, Paula Westerlund, Minna Kuivasmäki, Seija Juntunen, Minna Sipola, Noora Kataja, Ella Kiviniemi ja Anna Itkonen. Tällä hetkellä Junnujen toiminta on liitetty osaksi Ynnin Poikien toimintaa.
Poikakuorolle perustettiin musiikkileikkikoulu Muskaripojat syksyllä 2009. Ensimmäisenä ohjaajana toimi Jenni Koskenkorva. Kaudella 2010–2011 poikien parissa musisoi Anna Itkonen. Toiminta jäi varsin lyhytaikaiseksi johtuen poikien vähyydestä ja myös sopivien ohjaajien puutteesta.